خبر پارسی – معمولاً در بیوت مراجع تقلید رسم بر این است که بعد از درگذشت پدر، پسر ارشد امور بیت را به عهده می‌گیرد و حتی در مسیر وی گام برمی‌دارد و خود به جایگاه مرجعیت یا استادی حوزه می‌رسد. این معنا در بیت امام خمینی (ره) نیز صادق است.
به گزارش ایسنا، «عصر ایران» با این مقدمه، نوشته است: بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران قبل از انقلاب اسلامی و در زمان حضور در نجف امید فراوانی به سید مصطفی پسر ارشد خود داشت. درگذشت او باعث شد تا سیداحمد خمینی عهده‌دار بیت پدر شود. سیداحمد برخلاف مصطفی، کمتر جنبه علمی و فقهی داشت و بیشتر عهده‌دار کارهای انقلابی و حکومتی پدر بود.
احمد خمینی به دلیل رابطه عاطفی و کاری و مراقبت نتوانست سطوح بالای علمی و حوزوی را طی کند. سیداحمد ۵ سال بعد از امام خمینی درگذشت تا پسر ارشدش عهده‌دار اداره بیت امام شود.
سیدحسن خمینی از همان ابتدا سعی کرد از نظر علمی مسیر عموی خود را طی کند. سیدحسن به سرعت پله‌های ترقی را طی کرد و توانست در اوج جوانی از یک طلبه تبدیل به یکی از استادان حوزه علمیه قم شود. امروز برخی در حوزه علمیه او را «آیت‌الله» خطاب میکنند و حتی بعضی از طرفدارانش به وی لقب «علامه» داده‌اند.
همین رشد علمی باعث شده است تا بسیاری سیدحسن را شبیه‌ترین فرد از خمینی‌ها به امام بدانند. در این میان حتی بسیاری بر این باور هستند که سیدحسن خمینی ترکیبی از امام موسی صدر و سیدمصطفی خمینی است.
برخی رفتارهای سیاسی سیدحسن خمینی و نزدیکی او به جریان اصلاحات باعث شد تا جریان افراطی اصول‌گرا به مخالفت با او بپردازد. این مخالفت به حدی بود که «سیدحسن خمینی» را «سیدحسن مصطفوی» خطاب کردند تا با این کنایه به وی بگویند وی مسئول و ادامه‌دهنده راه امام نیست.
جریان اصول‌گرا برای مقابله با سیدحسن خمینی در تلاش بود سیدعلی خمینی برادر کوچک‌تر او را در برابر برادر علم کنند و به مردم بگویند که سیدعلی خمینی که امام نیز او را بسیار دوست داشت، نماد واقعی «بیت امام» است. سیدعلی خمینی بسیار مورد توجه امام بود تا جایی که حضرت امام در اهدای یک جلد صحیفه سجادیه درباره او می‌نویسد: «در صورت او نور علی می‌بینم.» (علی خمینی همان علی کوچولوی امام است که تصویر امام در حالی که او را می‌بوسد در آغاز کتاب‌های درسی دبستان‌ها قرار دارد).
سیدعلی خمینی آخرین فرزند سیداحمد خمینی است. او هم راه پدربزرگ، پدر، عمو و برادارن خود را رفته و همچون آنان معمم شده است. در غیاب حسن خمینی، او مسئول اداره بیت حضرت امام است. علی خمینی در این سال‌ها سعی کرده خود را در قامت یک تئوریسین و نظریه‌پرداز معرفی کند و این را می‌شود در سخنان او مشاهده کرد. گفته می‌شود نظارت عالیه بر نشریه «حریم امام» – نشریه آستان مقدس امام خمینی – بر عهده اوست.
او داماد سیدجواد شهرستانی است که خود داماد آیت‌الله سیستانی، مرجع عالی شیعه مقیم نجف است، بدین ترتیب علی خمینی حلقه اتصال دو بیت خمینی و سیستانی شده و شاید دو مکتب قم و نجف.
در آئین‌هایی که اصول‌گرایان می‌خواهند نماینده‌ای از بیت امام شرکت کند، معمولاً قرعه را به نام سیدعلی خمینی می‌زنند. نمونه آخر آن مراسم پانزدهین سالگرد رحلت آیت‌الله صالحی مازندرانی در مصلای شهر قائمشهر بود.
بر اساس آنچه سایت جماران گزارش داده، در این مراسم امام جمعه قائمشهر در سخنانی انتقادهایی جدی و غیرمنتظره را نسبت به یادگار امام مطرح می‌کند و البته با پاسخ‌های سیدعلی روبرو می‌شود.
علی خمینی در دفاع از برادر ارشدش می‌گوید: «من تابحال در منبری از حاج حسن آقای خمینی اسم نبرده بودم. ما خبر داریم کسانی در خارج کشور و دنباله‌های داخلی برنامه‌ریزی کرده بودند و یکسری غرض‌ورزی‌ها وجود داشت که ایشان را از رهبری و نظام جدا کنند. چون امام جمعه گفتند، من اسم می‌برم؛ خیلی از این کسانی که این حرف‌ها را می‌زنند و می‌گویند شما کجا بودید و می‌گویند از ولایت دفاع کنید؛ تو ندیدی! (تکبیر مردم) این درد است که خانواده امام پشت سر رهبری بوده و هست و این محبت رهبری را نمی‌دانم نسبت به کسان دیگری دارد یا نه. دشمن نمی‌خواهد اینها دیده بشود!
در انتخابات خبرگان که برادر ما را ردصلاحیت کردند، ایشان چه‌کار کرد؟ دشمنانِ ما را ناامید کردند. هفته قبل از ثبت‌نام، ایشان و رهبری با هم صحبت کردند؛ دو هفته بعد از ردصلاحیت دوباره ملاقات کردند و به خدمت ایشان رفتند. رهبری هم در زمان سالگرد امام به حرم امام آمدند. اگر شما بعد از سال‌ها تدریس در حوزه علمیه ردصلاحیت شوید، در حالی که هر روز حداقل دویست سیصد نفر سر درس شما هستند، به شما می‌گفتند تو بی‌سوادی، چه می‌کردید؟! اگر بحث امتحان است، آیت‌الله مؤمن گفتند امتحان لازم نیست. نمی‌خواهم تک‌تک آقایان را اسم ببرم، اما همه مى‌دانند علت ردصلاحیت ایشان امتحان نبود و آقایان شاهرودی، مؤمن و آیت‌الله یزدی گفتند مسأله، امتحان نبود! هرکس دیگر بود در چنین شرایطی حرکتی می‌کرد. اما کلمه‌ای گله و شکایت از امام و انقلاب و رهبری از حاج حسن آقا ندیدیم.»
این سخنان نشان می‌دهد که سیدعلی برخلاف تمام تلاش‌ها، سیدحسن خمینی را نماد و مدیر بیت امام می‌داند و حاضر نیست تکیه به جایگاه او بزند.
سخنان روز گذشته سیدعلی خمینی را می‌شود شکست طرح کنار گذاشتن سیدحسن خمینی دانست. در کنار این مسأله، سیدعلی خمینی با اعلام مواضع سیدحسن خط بطلانی بر پروژه قرار دادن یادگار امام در برابر رهبری کشید.
