آیت‌الله بهاءالدین محلاتی در سال ۱۳۲۴ق/ ۱۲۷۶ ش در خانواده‌ای روحانی در شهر مقدس نجف اشرف متولد شد. پدرش حاج شیخ جعفر محلاتی از روحانیون ایرانی بود که برای کسب علم از مدتی پیش در این شهر رحل اقامت افکنده بود. پس از مدتی زندگی در عتبات عالیات، شیخ جعفر محلاتی همراه خانواده‌اش در سال ۱۳۲۱ق/ ۱۲۸۲ ش به شیرازـ که از مدت‌ها پیش اجدادش از محلات به آن نقل مکان کرده بودندـ مهاجرت کرد. در این شهر بهاءالدین شروع به تحصیل کرد و مدت شش سال مقدمات عربی و فارسی را در «مدرسه‌ی شریعت» فرا گرفت .
وی مدتی نیز به تحصیل حکمت و فلسفه نزد حاج سید اسماعیل کازرونی پرداخت. اصول را هم نزد مرحوم والدشان و آیت‌الله میرزا محمدصادق مجتهد فراگرفت .
آیت‌الله محلاتی پس از فراگیری بخشی از علوم اسلامی در وطن، تصمیم گرفت برای تکمیل تحصیلات خود راهی نجف اشرف شود؛ لذا همراه خانواده‌ی خود در سال ۱۳۴۲ق دوباره به عتبات سفر کرد و مبانی درس خارج را به مدت هشت سال در محضر علمای بزرگ نجف: آیت‌الله ضیاءالدین عراقی، آیت‌الله سیدمحمد کاظم شریعتمداری، آیت‌الله سیدابوالحسن اصفهانی و آیت‌الله محمدحسین نائینی غروی فراگرفت. بعد از آن به درخواست والدش در سال ۱۳۴۸ق/ ۱۳۰۸ ش به شیراز برگشت و علاوه بر امامت جماعت در مسجد مولای شیراز، زعامت حوزه‌ی علمیه‌ی این شهر و آموزش علوم حوزوی طلاب را برعهده گرفت. پس از یک سال اقامت در شیراز، آیت‌الله محلاتی مجدداً به نجف اشرف مهاجرت کرد، اما به علت درخواست پدرش مجدداً به شیراز مراجعه کرد و برای همیشه در آنجا رحل اقامت افکند .
آیت‌الله محلاتی که در حوادث جنگ جهانی دوم و در عنفوان جوانی در کنار پدرش تاثیر بسزایی در اخراج انگلیسی‌ها و قیام مردم جنوب داشت، آیت‌الله محلاتی در این دوره از حیات‌‌ـ که هم‌زمان با اواخر حکومت قاجاریه و اوایل حکومت رضاشاه پهلوی بود ـ علاوه بر تحصیل علم از فعالیت سیاسی نیز غافل نماند و گاه در برخی از جریان‌های سیاسی‌‌ـ اجتماعی از قبیل قیام دلیران تنگستانی شرکت می‌کرد و مدت ده ماه همراه پدر بزرگوارش علیه نیروهای انگلیسی مبارزه کرد.
س از ورود متفقین در شهریور ۱۳۲۰ به ایران که منجر به تبعید رضاشاه و به سلطنت رسیدن محمدرضا پهلوی گشت، آیت‌الله محلاتی همچون سایر روحانیون مخالف رژیم پهلوی، فرصت یافت تا مخالفت‌های خود را با رژیم بروز داده و به هر نحو ممکن درصدد ضربه زدن به رژیم برآید. به همین خاطر در وقایع مربوط به ملی شدن صنعت نفت به پیروی از آیت‌الله کاشانی وارد میدان مبارزه با رژیم شد و در سال ۱۳۲۸ با صدور اعلامیه‌ای، مبارزه برای ملی شدن نفت را تأیید کرد.
س از رحلت آیت‌الله بروجردی (فروردین ۱۳۴۰)، امام خمینی پرچم مبارزه علیه رژیم پهلوی را به‌دست گرفت. آیت‌الله محلاتی نیز که به درستی و حقانیت راه امام ایمان داشت، مبارزات خود را در راستای اقدامات و موضعگیری‌های ایشان متمرکز کرد و تا پایان نیز بر این شیوه باقی ماند. وی هم‌زمان با اعلام اصول ششگانه‌ی انقلاب سفید توسط شاه و موضعگیری شفاف امام خمینی علیه آن، به مخالفت با رفراندوم پرداخت و مردم را به شرکت نکردن در رفراندوم لوایح مذکور تشویق نمود. پس از حمله‌ی رژیم پهلوی به مدرسه‌ی فیضیه در دوم فروردین ۱۳۴۲، که منجر به روشن‌تر شدن هرچه بیشتر چهره‌ی شاه و رژیم شد، وی مبارزات خود را علیه دستگاه سلطنت بیش از پیش علنی نمود و در برپایی تظاهرات ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ در شیراز ـ با توجه به اینکه وی شخص اول روحانیت فارس به شمار می‌آمد و صدها هزار نفر طرفدار داشت ـ نقش بسیار چشمگیری ایفا نمود. این مسئله که به برپایی یکی از بزرگ‌ترین قیام‌های مردمی در پانزدهم و شانزدهم خرداد ۱۳۴۲ پس از تهران در شهرستان‌ها (شیراز) منجر شد، موجبات دستگیری آیت‌الله محلاتی را فراهم آورد .
در این رابطه ساواک شبانه به منزل آیت‌الله محلاتی حمله کرد و او را همراه فرزندش مجدالدین محلاتی بازداشت و به همراه آیت‌الله دستغیب، جلال‌الدین آیت‌الله زاده (برادر آیت‌الله محلاتی) و… شبانه با یک هواپیمای نظامی روانه‌ی تهران کرد. در بدو ورود به تهران، رژیم هر یک از آنها را تا سیزده روز در سلول‌های انفرادی بدون هیچ محاکمه‌ای بازداشت کرد .
پس از بازجویی‌های مقدماتی، ساواک در تیرماه ۱۳۴۲ بسیاری از دستگیرشدگان را آزاد کرد؛ اما به علت نقش برجسته‌ی امام خمینی، آیت‌الله محلاتی و آیت‌الله قمی (وی به علت وقایع ۱۵ خرداد در مشهد بازداشت شده بود) در رهبری و پدید آمدن قیام ۱۵ خرداد، آنها را تا مدت‌ها در بند نگه‌داشت. مدتی بعد در یازدهم مرداد همان سال به علت فشار افکار عمومی، ساواک مجبور شد آنها را آزاد کند و به خانه‌ای در تهران انتقال دهد و تحت‌نظر بگیرد .
خانه‌ی مزبور سه طبقه داشت که هر طبقه‌ی آن در اختیار یکی از آیات عظام بود. پس از استقرار حضرات آیات در این مکان، سیل جمعیت از نقاط مختلف کشور برای دیدار با آنها روانه‌ی این مکان شد؛ لذا وقتی ساواک متوجه شد این خانه به کانون افشاگری علیه رژیم تبدیل شده است، ترجیح داد پس از چند ماه آنها را آزاد کرده و روانه‌ی شهرهای خود کند. آیت‌الله محلاتی در برگشت به شیراز با استقبال باشکوه و بی‌سابقه‌ی مردم ـ که کیلومترها به پیشواز ایشان رفته بودند ـ مواجه شد
پس از تبعید امام خمینی به خاطر سخنرانی علیه حق کاپیتولاسیون اتباع آمریکایی در ایران، آیت‌الله محلاتی نیز در جریان یک سخنرانی آتشین با بیان اینکه: «خمینی را از شهر و مملکتش تبعید می‌کنند و بدانید این دستگاه پابرجا نخواهد ماند، همان‌طور که سلسله‌ی معاویه منقرض گردید.
وی به عموم پیشنمازان مساجد شیراز دستور داد تا نماز جماعت را تعطیل کرده و از رفتن به مساجد خودداری کنند. علاوه بر این، هیئتی مرکب از نمایندگان او و آیت‌الله دستغیب روانه‌ی قم شدند تا اوضاع را بررسی کرده و نتیجه را به آنها گزارش نمایند. همچنین به علمای سایر شهرستان‌ها، به‌ویژه شهرهای استان فارس، دستور داد تا در اعتراض به این اقدام رژیم پهلوی در تکیه‌‌گاه‌های خود متحصن شوند .
در سال‌های بعد (۱۳۴۳-۱۳۵۷) وی مخاطب امام در ارسال بسیاری از پیام‌هایش به استان فارس و شهر شیراز محسوب می‌شد و به همین خاطر بسیاری از اعلامیه‌های حضرت امام در این رابطه، خطاب به او و با نام وی شروع می‌شود .
علاوه بر این آیت‌الله محلاتی شخصاً نیز در طول این سال‌ها هیچ گاه ساکت و بی‌تفاوت ننشست و در قبال رویدادهای ایران و جهان با صدور اعلامیه‌ها و گاه کمک‌های مادی و معنوی دیگر همیشه خود را مسئول می‌دانست؛ به عنوان نمونه، وی در جنگ شش روزه‌ی اعراب و اسرائیل، با صدور اعلامیه‌ای از مسلمانان خواست تا از هر گونه مساعدت مادی و معنوی نسبت به اعراب مسلمان دریغ نورزند و هر عملی را که موجب تقویت اسرائیل شود، حرام کنند .
آیت‌الله محلاتی همچنین در واکنش به «جشن هنر شیراز»، که از اواخر دهه‌ی ۴۰، هر ساله در شیراز برگزار می‌شد، همواره مخالفت خود را اعلام کرده و به علت هجوم به ارزش‌های اسلامی در جریان این جشن‌ها، علی‌الخصوص پس از نمایش اعمال منافی عفت در جریان نمایشنامه‌ی «خوک، آتش، بچه» در جشن هنر سال ۱۳۵۶ رژیم را با عبارت «خدا لعنت نماید برگزارکنندگان جشن هنر را و…»
مورد هجوم قرار داد. ایشان گذشته از آن، دستگاه هیئت حاکمه را به تعطیلی مساجد و بازار شهر تهدید نمود؛ اما چون ایادی رژیم بساط جشن را به سرعت جمع کردند، این برنامه عملی نشد؛ ولی این واکنش‌ها و به پا خاستن مردم مبارز شیراز در سال بعد موجب شد تا این جشن که سال‌ها بود بدون وقفه برپا می‌شد، دیگر برگزار نگردد .
آیت‌الله محلاتی در سایر حوادث مربوط به انقلاب نیز همواره واکنش‌های مناسب بروز داد؛ مثلاً در چهلم شهدای ۱۹ دی قم، اطلاعیه‌ای صادر کرد و ۲۰ بهمن ۱۳۵۶ را در شیراز تعطیل و عزای عمومی اعلام نمود.
در سال ۱۳۵۷ با نزدیکی پیروزی انقلاب اسلامی نیز آیت‌الله محلاتی به عنوان ملجأ و پناهگاه و همچنین راهنمای مبارزان علیه رژیم همیشه مورد توجه بود و خود نیز شخصاً در بسیاری از این گونه رویدادها شرکت داشت. وی پس از برقراری حکومت نظامی در شیراز، با صدور اعلامیه‌ای در اواخر شهریور ۱۳۵۷ به استقرار حکومت نظامی در شهر و دستگیری علمای شیراز (آیت‌الله دستغیب و…) شدیداً اعتراض کرد و همچنین برای بی‌اعتبار جلوه دادن حکومت نظامی و دستور ارتش، با صدور اعلامیه‌ای به پیروی از حضرت امام به مردم گوشزد کرد که گرفتن اجازه از مقامات حکومت جهت برگزاری مجالس سوگواری و… جایز نیست .
بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، آیت‌الله محلاتی به علت کهولت سن و آلام روحی و جسمی، در مصدر خدمات دولتی قرار نگرفت، اما از امر به معروف و نهی از منکر باز نایستاد و تا هنگام وفات به عنوان یکی از پشتوانه‌های نهضت اسلامی در فارس به خدمات خود به اسلام و انقلاب ادامه داد.
آیت‌الله محلاتی سرانجام در روز سه‌شنبه، ۲۷ مرداد ۱۳۶۰ در ۸۷ سالگی بعد از شش ماه کسالت ممتد و در حالی که از دو سال قبل به علت ابتلا به ناراحتی‌های قلبی و ریوی در بستر بیماری بود، از دنیا رفت. به دنبال رحلت وی بسیاری از مقامات و ارگان‌های جمهوری اسلامی در پیام‌هایی فقدان وی را تسلیت گفتند.
آیت‌الله محلاتی با آنکه در طول عمر پربرکتش همّ خود را بیشتر مصروف ارشاد عملی و زبانی مردم نمود، اما با این حال به خلق آثار نوشتاری چندی نیز دست زد که بیشتر در علم اصول و کلام به رشته‌ی تحریر درآمده و چاپ نشده‌اند. علاوه بر این وی برای اولین بار در کشور اقدام به تأسیس جلسات آموزش برای فرهنگیان نمود، که خلاصه‌ی بحث‌های مطروحه در آن جلسات به صورت کتاب «رهنمای حق» به کوشش اعضای جلسه بارها به چاپ رسیده است . بر اثر راهنمایی‌های ایشان، «جمعیت دین و دانش» در شیراز توسط عده‌ای از فرهنگیان به وجود آمد که هدف آن هدایت جوانان تحصیل کرده به حقایق دین مبین اسلام از راه دانش و منطق بود . این جمعیت نشریه‌ای نیز به نام «دین و دانش» برای نشر عقاید خود منتشر می‌کرد.
